在公元1661年的春天，郑成功作出了一个重大的决定 ，即挥师东征 ，收复台湾 。他的队伍经过长期在烽火中的锤炼，已成熟起来，赶走荷兰侵略者 ，收复国土 ，扩大抗清基地，现在正是时候 。进军台湾的决心下定以后 ，郑成功便投入了紧张而周密的战斗准备工作之中。准备的中心是修造船只 ，整顿水军。要打败掌握海上霸权的荷兰侵略者，没有一支强大的水师是无法与之交战的 。于是 ，船工们日夜赶造船只 ，兵士们日夜苦练本领，部队处于高度战备状态 。与此同时 ，郑成功进行了兵力部署 ，将东征部队分为两批，首批将士两万多人 ，战船100多艘 ，由他亲自率领，第二批随后接应。一切准备就绪以后，公元1661年阴历2月间 ，郑成功把行辕移至金门 ，首批部队到料罗湾集中，随时待命出发 。
3月初1 ，郑成功在金门举行隆重的“祭江”誓师仪式 。3月23日 ，郑成功率领的东征大军从料罗湾出发，浩浩荡荡向东挺进 ，次日早晨 ，船队陆续到达澎湖群岛。
从澎湖到台湾，水路52里 ，顺风时只要四更半 ，但如果碰上逆风，十天八天也休想到达 。3月27日 ，大军从澎湖出发 ，驶到半途，海面突然刮起暴风，船队寸步难行 ，无奈只好驶回澎湖停泊几天 ，等候顺风 。谁知，一连几天过去了 ，暴风越刮越大 ，风向依然不变，船队仍然无法启航。而此时 ，军中粮食已所剩无几了 ，郑成功连忙命令两位将士到各岛去筹募粮食 。澎湖36岛百姓们虽踊跃捐献，将家中仅存的一升一斗杂粮都拿出来劳军 ，但凑集起来的粮食只有100多石 ，还不够大军一餐 。在这进退两难之际，郑成功果断地下令 ，按照预定日期进攻鹿耳门。
3月30日晚上 ，船队顶着狂风，离开澎湖冒险东征 。海上狂风怒吼，惊涛骇浪 ，船只在咆哮着的海面忽而被抛上浪尖 ，忽而被摔下谷底，全体将士顽强地与风浪搏斗 ，丝毫没有气馁 ，他们以这种大无畏的精神，终于跨过了台湾海峡 。于4月1日 ，到达台湾鹿耳门港外。
鹿耳门水浅礁多 ，航道非常危险。这里平时海水浅至一丈，涨潮时也不过一丈四五尺 ，而且航道很窄 ，只能容两只船出入，又弯弯曲曲 ，海底都是沙石浅滩 ，荷兰人又故意把损坏的甲板船沉在此处，港路更加复杂曲折，船只一不小心 ，就会撞个粉碎 。所以 ，荷兰人凭恃鹿耳门是个“天险 ”，不加设防 。他们将防御的重点放在台湾城和旁边的七鲲以及赤山坎城上 ，在那些地方设有多处炮台 ，驻兵防守。
做了充分准备的郑成功对攻打鹿耳门胸有成竹 。原来，事先他已派人探测到从鹿耳门到赤山坎城边 ，在污泥中冲流着一条迂回曲折的港路 ，这条港路一直不为人知，逢到水位高的时候 ，船只可以很顺利地驶进去 。现在关键性的问题是掌握鹿耳门的潮汛 ，郑成功从渔民处得知，每月的初一和十六是鹿耳门海潮水位最高的一天 ，于是 ，他就将进港日期定在四月初一。
这天上午，海水果然大涨，郑成功指挥船队沿着迂回曲折的港路 ，顺利地驶进了鹿耳门 ，直抵赤山坎城附近 。一直以为中国船队会从正面进攻的荷兰人，发现郑成功等人冲进了台江 ，以为他们从天而降 ，个个惊慌失措 。英勇的中国将士们猛烈炮轰敌舰，将荷兰最大的一只名为“黑克托号 ”的舰船击沉。荷兰在台湾的驻军共有2000多名 ，这一仗就被击毙了500多人 ，荷兰伤亡惨重，退入城堡龟缩不出 。
登陆的郑成功部队 ，受到台湾人民的热烈欢迎和积极支援 。在这种有利的形势下 ，郑成功将大军移扎在台湾城附近的鲲身山上，准备攻打荷兰殖民主义者在台湾的统治中心——台湾城。攻克台湾城 ，将意味着结束荷兰在台湾的殖民统治 。但是 ，台湾城却并不容易攻克 。荷兰人称它为“热兰遮城”，意思是“海上堡垒”。他们当初设计的时候，就将整座城当做一座堡垒 ，建筑十分坚固 ，城基方276丈6尺，高3丈多 ，上下两层 ，用大砖调油灰捣成，雉堞用铁钉牢 ，城墙上每隔几步 ，就有一个了望台，各处安着千斤大炮 ，环城四周的任一地方 ，都在射程之内。所以，郑成功的部队无论从哪个角度进攻 ，都躲不开敌人猛烈的火力 ，进攻几次，均告失败，并且伤亡不少 。于是 ，郑成功采纳参军萧拱辰的建议 ，长期围困台湾城，直至城中粮绝投降 。
这一年的12月 ，已被围困了足足8个月的台湾城中 ，荷兰士兵死伤已达1600多人，剩下的不满700人 ，弹药 、粮草几乎用光 ，荷兰人陷入了绝境。
时机已经成熟，郑成功决定发动最后总攻击 。战士们奋勇攻战 ，一枚枚炮弹在城堡上爆炸开来 ，顷刻之间，瓦石乱飞 ，城墙上出现了缺口 。荷兰总督揆一见大势已去 ，只好投降。
公元1662年2月1日，历史将永远记住这一天 。就在这天，西方殖民主义的代表——荷兰第一次在正义的中国人民面前低下头来 ，承认自己侵略的失败 。
年仅38岁的郑成功 ，坐在广场中的帐幕当中，接受荷兰驻台湾的最高长官揆一双手献上的降表 ，他向西方殖民者庄严宣告：中国的领土是不可侵犯的！台湾城上的荷兰国旗灰溜溜地降了下来 ，被侵占了38年的台湾，重新回到了祖国的怀抱。
郑成功收复台湾后 ，命儿子郑经留守在厦门 ，自己带了几营亲军开发台湾 。他打算在台湾发展生产，学习春秋时候越王勾践十年生聚十年教训的榜样 ，为抗清复明做长期准备 。可惜因为他长年在战火中奔波 ，风里来雨里去，积劳成疾 ，损害了健康 ，于收复台湾不久患病去世。死时才39岁 。
郑成功死后，儿子郑经掌握台湾，还一直控制着福建沿海的岛屿 。后来 ，康熙帝统治期间 ，台湾接受了清政府的统治，这样台湾与大陆归于统一。
